В конце XVI ст. (по мнению большинства источников) на Богословском переулке, что проходил через центр слободы царских оружейников-бронников, был построен приходской храм в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Позже главной слободской улицей стала Бронная, и обитель стали называть соответствующе — «храм Иоанна Богослова, что на Бронной».
Это была ничем непримечательная церковь — деревянная, с одним престолом. Однако в дар ей досталась уникальная икона в честь вышеупомянутого апостола, выполненная в технике византийского письма. Исключительность образа не в письме – на нём красуется надпись: «От царя Михаила Фёдоровича». Эта икона стала наиболее почитаемой для обители.
В 1652-1665 гг. стараниями прихожан был построен новый, каменный храм. Здание вышло весьма боголепным. В центре архитектурной композиции – двусветный четверик, увенчанный 5-тью барабанами. Центральный – самый крупный, со щелевидным окном; по краям расположены остальные — они поменьше и глухие. Шлемовидные главы завершают композицию. Из декора – килевидные кокошники, многоступенчатые карнизы, арочные окна, разделённые пилястрами, аркатурно-колончатый пояс на барабанах.
При храме Иоанна Богослова на Бронной была открыта первая частная православная школа в Москве (в 1668 г.). Инициатива строительства принадлежала прихожанам, они же и финансировали проект. Однако активное участие в этом благом деле принял также Симеон Полоцкий – известная личность в религиозных кругах. Несколько позже при храме построили и богадельню на 100 человек.
В 1694 г. был сооружен каменный Никольский придел, прекрасно вписавшийся в экстерьер храма, несмотря на некую отличительную особенность — это единственная луковичная глава во всей архитектурной композиции.
В 1740 г. строят новую колокольню – двухъярусную, с элементами классицизма. Один из 7-ми колоколов, которые на ней находились, отлил известный мастер Иван Моторин. В конце 30-х гг. XIX ст. в храме проводились ремонтные работы, а также был построен второй придел – в честь Митрофания Воронежского (в 1870-м он был упразднён).
В 1876-1879 гг. Богословский храм снова обновлялся. В нём появились новый иконостас в стиле барокко, росписи на стенах масляными красками, новые полы, подоконники из «подольского мрамора» (сырьё добывалось на Подольском карьере) и духовое отопление.
К 1917 году храм Иоанна Богослова на Бронной располагал довольно большими земельными владениями. Часть домов, что находились на его территории, сдавалась в наём (в остальных проживали священнослужители и церковные работники). Рядом находился приходской погост.
После октябрьского переворота обитель была разорена и, естественно, лишена владений. Здание в основном использовалось как склад, но изредка в нём держали заключённых.
В 1932 г. храм имел все шансы быть уничтоженным, однако стараниями архитектора Дмитрия Сухова всё обошлось снятием куполов и частично разобранной колокольней. В здании разместилась мастерская Московского драматического театра.
С 1970-го началась затяжная (в виду отсутствия финансов) реставрация храма. Поскольку частично эти работы оплачивались из бюджета театра, его руководство раз за разом переносило сроки ремонта. Это, к сожалению, привело к ещё большим разрушениям обители.
В конце концов, в 1991 г. храм Иоанна Богослова на Бронной был передан Церкви, хотя и в аварийном состоянии. Через год состоялось первое богослужение, но лишь к 1995 году мастерская театра полностью освободила здание.
Все реставрационные работы были произведены на средства прихожан, сторонних организаций и Инкобанка.